La Diputació de Barcelona ha elaborat, mitjançant el Departament d’Ecologia de la Universitat de Barcelona i amb la col·laboració de diverses institucions des de l’any 1994, un informe sobre la qualitat ecològica de diferents rius que posa de manifesta el mal estat ecològic de la mitja i la baixa Tordera. Aquesta tendència haurà d’anar canviant en els propers anys si es vol assolir els nivells de qualitat que marca la Directiva Marc de l’Aigua. La qualitat de les aigües de la Tordera ha estat durant molts anys qüestionada pels abocaments d’aigües industrials i d’aigües residuals municipals.
Concretament, l’estudi determina que el nivell ecològic del riu no és adequat malgrat les aigües tenen un aspecte molt net. Tot i així, amb els resultats obtinguts l’any 2009 s’observa que la Tordera hauria millorat sensiblement l’estat ecològic en aquest darrer any, especialment a la capçalera on el riu gaudeix d’una millor salut. A mesura que avancem aigües avall l’estat va empitjorant, especialment a partir de Sant Maria de Palautordera, on l’empitjorament encara és lleu. A mesura que s’avança cap a la desembocadura, segons consta en l’informe, l’estat ecològic pot arribar a ser dolent, com per exemple en els trams entre la Ferreria i Sant Feliu de Buixalleu o el tram des de Tordera fins a la desembocadura al mar Mediterrani. Aquest informe ha estat elaborat a partir de l’índex Ecostrimed, un índex que calcula la qualitat biològica dels rius a partir de macroinvertebrats (IBMWP) i a partir de l’estat de conservació del bosc de ribera (QBR).